Geheim agent Ethan Hunt werkt voor de IMF. De eenheid is beschuldigd van betrokkenheid bij een terroristische aanslag op het Kremlin en wordt daarom opgeheven. Hunt weigert dit te accepteren. Samen met zijn team gaat hij undercover om de echte dader te vinden. Het blijkt nucleair strateeg Kurt Hendricks te zijn, die een kernoorlog wil veroorzaken. Het team is volledig op zichzelf aangewezen, waardoor het bijna onmogelijk is om Hendricks tegen te houden.